其他的细胞器都是依靠与细胞核内的DNA复制而产生或减少,而线粒体和叶绿体可自主复制,扩充数量.
线粒体和叶绿体的内膜具有其他质膜所特有的选择透过性,而外膜则不明显,而且其内膜往往是代谢活动较为旺盛,例如线粒体的内膜是呼吸传递链的主要反应场所.
这些证据都表明线粒体和叶绿体的起源,是一种长期进化的结果.在起源之初,他们都只是独立生活的单细胞生物,由于生物可以通过内吞或外排的方式吸收某些营养或释放出代谢产物,所以这些单细胞生物有可能被比其相对较大或相对较高级的生物通过内吞形式吞入体内,但却并没有被杀死,而是利用他们的代谢能力来维持更高级别生命的需要.所以长期进化后,他们逐渐相安无事,这些单细胞生物也变成了其他生物的一部分而存在了.但其进化的最初状态被不经意的保留了下来,即双层膜,这也就是当初被吞噬的状态.