A、淀粉酶只能将淀粉水解产生麦芽糖和葡萄糖,而经淀粉酶处理后该病原体仍具有感染性,说明该病原体感染性相关的主要成分不是淀粉,A错误;
B、核酸酶只能将核酸水解产生磷酸、含氮碱基、五碳糖,而经核酸酶处理后该病原体仍具有感染性,说明该病原体感染性相关的主要成分不是核酸,B错误;
C、脂肪酶只能将脂肪水解产生脂肪酸和甘油,而经脂肪酶处理后该病原体仍具有感染性,说明该病原体感染性相关的主要成分不是脂肪,C错误;
D、蛋白酶可以将蛋白质水解产生多肽和氨基酸,经蛋白酶处理后该病原体后,此病原体失去感染性,说明该病原体感染性相关的主要成分是蛋白质,D正确;
故选:D.