染色体是细胞核中容易被碱性染料染成深色的物质,染色体是由DNA和蛋白质两种物质组成;DNA是遗传信息的载体,主要存在于细胞核中,DNA分子为双螺旋结构,像螺旋形的梯子;DNA上决定生物性状的小单位,叫基因.A、DNA是染色体的物质组成之一,染色体位于细胞核中,而DNA主要存在于细胞核中,不是全部,如细菌细胞没有细胞核,但是有DNA.不符合题意;B、植物细胞有细胞壁,细胞壁有支持保护作用,因此把洋葱鳞片叶表皮细胞放在清水中,细胞不会胀破,故不符合题意;C、细胞膜控制物质的进出,水稻根细胞吸收含硅的无机盐多,吸收含钙的无机盐少,主要是因为细胞膜的作用.故不符合题意;D、植物体的结构层次为:细胞→组织→器官→植物体;动物体的结构层次为:细胞→组织→器官→系统→动物体.莲属于植物,鲫鱼属于动物,所以莲与鲫鱼相比,其结构层次不同的是没有系统这个结构层次.故不符合题意.故选:A.