:①H2O、D2O和T2O都是由氢元素、氧元素组成的,结构相同,为同一物质;
②NO2和N2O4 都是由氮元素、氧元素组成的,分子式不同,不属于同分异构体;
③冰与水,只是状态不同,都是由水分子构成,为同一物质;
④CH3CH3 和CH3CH2CCH3都是烷烃,结构相似,在分子组成上相差一个CH2原子团,为同系物;
⑤NH4CNO和CO(NH2)2 分子式相同,结构不同,NH4CNO属于盐,是电解质和CO(NH2)2 是有机物,为非电解质,结构不同,互为同分异构体;
⑥CH3-CH2-OH和CH3-O-CH3 分子式相同,结构不同,CH3-CH2-OH属于醇,CH3-O-CH3 属于醚,二者互为同分异构体.
所以⑤⑥属于同分异构体.
故选:D.