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【PCR扩增时,引物与模板配对到什么程度就可以扩出目标片断?不考虑其他因素.请给详细专业的回答我的意思,是不是引物比如说25bp,要与模板完全配对才可以扩增,还是可以有一个或几个不匹配】
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问题描述:

PCR扩增时,引物与模板配对到什么程度就可以扩出目标片断?不考虑其他因素.请给详细专业的回答

我的意思,是不是引物比如说25bp,要与模板完全配对才可以扩增,还是可以有一个或几个不匹配的也可以扩得到(不要考虑温度和试剂等方面,只单纯从引物与模板相配方面讲).另外,如果差一点也可以扩增出来,那差别多少后就扩不出来了?

孟庆华回答:
  这取决与你使用的退火温度,引物浓度,离子强度,引物序列等诸多问题   3‘端5个碱基影响扩增效率,当这5个中特别是后3个中有错配特别影响引物扩增的效率,但并不是不能引发,比如ssp引物配合taq酶,当退火温度降低时,即使3’端碱基不互补也能发生扩增.简单的说一个碱基错配会降低引物tm3-5度,当tm严重低于退火温度时便不能引发扩增,所以差多少能扩出来取决于错配碱基的位置,引物长度和tm,退火温度.5’端的修饰,如引入突变或加入酶切位点,这些序列是不计算在引物tm中的,不需要考虑,只要在3‘端有能提供足够tm的序列即可.
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