A.选取两套培养皿的目的是设置对照,一套培养皿不做处理,为对照组,另一套培养皿在选定的环境中处理,为实验组.不是将分别采集不同环境中的标本放在选用的两套培养皿中,不符合题意;B.采集同一环境中的标本,除实验组培养皿在选定的环境中处理外.实验组和对照组必须在相同的环境培养,不符合题意;C.设置的对照和实验必须在同一环境下培养;才能保证实验变量的唯一性,不符合题意;D.在不同环境中培养科学探究的基本环节是提出问题、作出假设、制定计划、实施计划、得出结论、表达交流.科学探究实验中的变量是唯一的,才能得出准确的结论,否则就得不出准确的结论.科学探究时要设置对照试验,且实验组与对照组除探究的对象不同外,其余的条件都要相同.在检测不同环境中的细菌和真菌的探究活动中,选用两套培养皿目的就是设置对照,且实验组与对照要在同一环境下培养.符合题意综上所述:A、B、C选项不符合题意,只有D选项符合题意.故选:D