和它相亲的银杏类植物在两亿七千万年前的二叠纪时就已经生成,属于银杏门.晚三叠纪时,银杏类植物快速发展,之后的侏罗纪和早白垩纪达到了鼎盛时期,银杏类的五个科同时存在,除赤道外广泛分布于世界各大洲.但白垩纪后期被子植物迅速崛起时,银杏类像其它裸子植物一样也急剧衰落.晚白垩纪后除个别发现外,银杏科以外的银杏类植物已基本绝迹.晚白垩纪和古近纪,银杏(主要为银杏属Ginkgo和似银杏属Ginkgoites)在欧亚大陆和北美高纬度地区呈环北极分布,渐新世时由于寒冷气候不断向南迁徙,并在此之后不断衰落.
银杏在中新世末在北美消失,上新世晚期在欧洲消失.250多万年前发生第四纪冰河时期,令银杏数量继续减少,面临绝灭的危机,而中国南部因地理位置适合和气候温和,成为银杏的最后栖息地.中国的银杏大化石纪录始于始新世;日本直至上新世,甚至更新世早期都有银杏叶化石发现,但没有发现繁殖器官.而现在的银杏是这个门的植物中生存至今的唯一成员,因此又被称为“活化石(孑遗植物)”.