前者是人工的,后者是天然的生态系统,其在物质循环上的主要差异在于,前者必须是开放的,而后者理论上可以是封闭、自给自足的.
森林生态系统的碳循环基本过程是,生产者固定二氧化碳为有机物,有机物通过食物链传递,被消费者及分解者分解和呼吸,然后又重新返回无机环境,整个过程比较简单.假设把一个森林生态系统完全的封闭起来,理论上它也是可以维持相对稳定.
而农田生态系统还有人为的作用参与在里面,例如生产者利用的二氧化碳一部分来自于大气,一部分来自于有机肥料的分解,而生产者所产生的有机物绝大多数被人所获取,物质和能量的流向都是以人作为导向.