∵四边形ABCD是矩形,AD=2AB,
∴AD=BC,AB=CD,∠ABC=∠BCD=∠BAD=∠ADC,AD∥BC,AB∥CD,
∴AE=ED=BF=FC=AB=CD,
∵AE=BF,AE∥BF,
∴四边形ABFE是平行四边形,
∵AB=AE,
∴四边形ABFE是菱形,
∵∠ABF=90°,
∴四边形ABFE是正方形,同理可以证明:四边形EFCD是正方形.
∴AF⊥BE,EC⊥DF,∠BEF=∠CEF=45°,EM=NF,
∴∠MEN=∠EMF=∠ENF=90°,
∴四边形EMFN是矩形,
∵EM=MF,
∴四边形EMFN是正方形.
故选D.