A、人工种子是指通过植物组织培养得到的胚状体、不定芽、顶芽和腋芽等为材料,通过人工薄膜包装得到的种子,可见该过程需要采用植物组织培养技术,A正确;
B、由配子直接发育的个体称为单倍体,花药中的花粉是植物的配子,所以采用花药离体培养得到单倍体植株,B正确;
C、培育“番茄-马铃薯”杂种植株,先要制备“番茄-马铃薯”杂种细胞,然后借助于植物组织培养的技术手段将杂种细胞培育成杂种植株,C正确;
D、利用秋水仙素处理萌发的种子或幼苗,得到多倍体植株,是植物的正常发育,没有利用植物组织培养技术,D错误.
故选:D.