你这里用了一个“基因自由组合”的词,我虽然能明白你的意思,但这个词用的不合理,因为基因自由组合指的是“不同同源染色体之间”的基因关系.处于同源染色体上的基因是要“分离”的,因为连锁所有不能“自由”组合.只有远距离的连锁基因,才能发生频率不大于50%的“基因交换”组合.
因此我理解你的问题是为什么第二次减数分裂,基因不能进行交换,对吗?
第二次减数分裂之前,染色体之间在“4联会”阶段已经发生了基因的交换,因此从生物学意义上来看,后来的姊妹染色体就没必要进行交换了.至于原因么,目前研究并不清楚,还没人能确切回答你,但是一切都可以这样说,这是基因和基因产物(酶)活动的结果,是基因的在不同时空表达所导致的结果.