严格地说,需要研究的不是生物之间是否有亲缘关系,而是生物之间亲缘关系的远近程度. 　　在现存的鳄类中,扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系是最近的. 　　南京师范大学朱伟铨硕士学位论文（2002年）的研究结果表明,在鳄类动物中,扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系最近.下为其摘要的一段： 　　“百年来关于扬子鳄的分类地位存在着很多争议,本文利用测得的扬子鳄(Alligatorsinensis)、暹罗鳄(Crocodlylussiamensis)和湾鳄(Crocodlylusporosus)的mtDNAND4和Cytb基因序列,以及从GenBank中获得密西西比鳄、凯门鳄和海龟(Cheloniamydas)的ND4基因和Cytb基因相应片段,构建以海龟为外群的系统进化树.结果显示：在鳄类动物中,扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系最近.” 　　也可参考以下几篇论文： 　　[1]张方,吴孝兵,等.基于BDNF和NT-3基因部分序列探讨爬行动物系统发生中的若干问题及扬子鳄分类地位.动物分类学报,2006年03期 　　【关键词】爬行动物;扬子鳄;NT-3基因;BDNF基因;系统发生; 　　【英文关键词】Reptiles;Alligatorsinensis;NT-3gene;BDNFgene;phylogeny.; 　　【摘要】通过两个核基因NT-3基因(约740bp)和BDNF基因部分序列(约720bp)的分析,对爬行动物的系统发生关系中鳄类与鸟类和哺乳类系统发生关系、龟类在爬行动物系统发生中的位置以及扬子鳄属的划分等问题进行探讨.结果表明,在NT-3基因序列中,有307个位点存在变异(约为总位点数的47.3%),BDNF基因序列有256个变异位点(约为38.79%);构建的分子系统树显示,NT-3和BDNF基因以及两序列合并数据后所得系统树的拓扑结构均支持鳄类和鸟类聚为一支构成姐妹群,鳄类与蜥蜴类尽管在形态上非常相似,但它们的亲缘关系仍然较远;同时支持把龟鳖类作为鳄类和鸟类支系的姐妹群,支持把蜥蜴类(有鳞类)放在爬行类系统发生树的基部,而不是龟鳖类作为现代爬行类中最基部的1支.对扬子鳄分类地位的研究结果支持在现存的鳄类中扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系较近的结论. 　　[2]朱伟铨,王义权,等.几种鳄分子系统发生的探讨.遗传,2001年05期 　　【关键词】鳄;ND4基因序列;Cytb基因序列;分子系统发生; 　　【英文关键词】Crocodilian;MitochondrialND4gene;Mitochondrialcytochromebgene;Phylogeny; 　　【摘要】百年来关于扬子鳄的分类学位置存在着很多争议,本文测得扬子鳄、暹罗鳄和湾鳄的mtDNAND4和Cytb基因,并从GenBank中获得密西西比鳄和海龟的ND4基因和Cytb基因相应片段.用ClustalX1.8进行对位排列,以海龟为外群构建分子进化系统树.结果显示：在鳄类动物中,扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系最近,两者ND4基因序列碱基差异为20.68%,而Cytb基因序列碱基差异为14.43%;但扬子鳄与密西西比鳄的分类问题仍将有待进一步探讨. 　　[3]吴孝兵,王义权,等.从12SrRNA基因序列探讨8种鳄类的系统学关系.动物学报,2001年05期 　　【关键词】鳄;12SrRNA基因;DNA序列;分子进化; 　　【英文关键词】Crocodiles;12SrRNAgene;DNAsequence;Molecularevolution; 　　【摘要】测得扬子鳄(Alligatorsinensis)和暹罗鳄(Crocodylussiamensis)的mtDNA12SrRNA基因片段的部分序列,与GenBank中的2种鳄及文献中4种鳄的12SrRNA基因相应片段,经比对后构建系统树.其结果显示,现存鳄类为单系起源,可划分为3个科,即：鳄科、食鱼鳄科和假食鱼鳄科.食鱼鳄与假食鱼鳄亲缘关系较近,支持将假食鱼鳄作为食鱼鳄科的一个属,与以形态学为基础的研究结果不同.在钝吻鳄科中,扬子鳄与凯门鳄亲缘关系较远,而与密西西比鳄的亲缘关系虽较近,但它们的确存在很多差异,两者12SrRNA基因序列差异达12.12%,碱基的颠换数为9.在基于碱基转换和颠换的NJ系统树及仅基于碱基颠换的NJ系统树中,前者支持扬子鳄与密河鳄间的亲缘关系较近,而后者支持扬子鳄与凯门鳄间的亲缘关系较近,说明扬子鳄与密河鳄间亲缘关系是值得研究的问题.因本文仅根据12SrRNA基因部分序列来进行分析,尚需进一步研究.