鉴定了磷酸化肽后,还要进一步确定磷酸化肽中修饰了磷酸化位点的哪个残基.用于确定磷酸化肽中磷酸化位点的质谱方法基于两种不同原理,第一种方法取决于磷酸酯键的化学稳定性,如在ESI质谱仪的碰撞室或离子源中,或在MALDI-MS的PSD过程中.磷酸化肽可通过磷酸酯键断裂产生的碎片离子鉴定.第二种方法基于肽段增加的磷酸酯基团的质量数.假如蛋白是已知的,可通过质量数来确定肽段.在某些情况下,肽段只含有一个丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸残基,则很轻易找到磷酸化位点,但在大多数情况下肽段含有很多个丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸残基,则确定磷酸化位点发生困难.