A、组成蛋白质的氨基酸有20种,数目也不完全相等,因此不同蛋白质含有的氨基酸数量不尽相同,A正确;
B、唾液淀粉酶和胰淀粉酶的结构不同,但它们却具有相似的功能,都能催化淀粉水解,B正确;
C、不同的蛋白质,其组成的氨基酸的种类、数目、排列顺序的不同,因而在合成蛋白质时,氨基酸可按不同的排列顺序脱水缩合,C正确;
D、氨基酸脱水缩合是指一个氨基酸的羧基和另一个氨基酸的氨基结合,形成肽键.因而组成蛋白质的氨基酸之间脱水缩合方式都相同,都是一个氨基酸的羧基和另一个氨基酸的氨基结合,形成肽键,D错误.
故选:D.