2)主动途径:是由去甲基酶的作用,将甲基集团移去的过程.在DNA甲基化阻遏基因表达的过程中,甲基化CpG粘附蛋白起着重要作用.虽然甲基化DNA可直接作用于甲基化敏感转录因子E2F、CREB、AP2、CMycöMyn、NF2KB、Cmyb、Ets,使它们失去结合DNA的功能从而阻断转录,但是,甲基化CpG粘附分子可作用于甲基化非敏感转录因子(SP1、CTF、YY1),使它们失活,从而阻断转录.人们已发现5种带有恒定的甲基化DNA结合域(MBD)的甲基化CpG粘附蛋白.其中MECP2、MBD1、MBD2、MBD3参与甲基化有关的转录阻遏;MBD1有糖基转移酶活性,可将T从错配碱基对TöG中移去,MBD4基因的突变还与线粒体不稳定的肿瘤发生有关.在MBD2缺陷的小鼠细胞中,不含MECP1复合物,不能有效阻止甲基化基因的表达.