A、由以上分析知,该蛋白质分子含有两条肽链并且两条肽链间由一个肽键连接,所以链内肽键数=氨基酸数-肽链数=200-2=198个,链间肽键1个,该蛋白质分子共有肽键数=198+1=199个,A错误;
B、由题图知,该蛋白质分子的两条肽链间的肽键(1个)是由第70位和第165位氨基酸的R基上的氨基和羧基形成的,所以构成该蛋白质分子的200个氨基酸中至少具有的氨基数=200+1=201个,B错误;
C、由以上A的分析,200个氨基酸经脱水缩合形成该蛋白质时脱去的水分子数为199个,所以合成该蛋白质时相对分子质量减少199×18=3582,C正确;
D、该蛋白质具有两条肽链,至少含有2个游离的氨基,D错误.
故选:C.