腺病毒载体为大分子双链DNA,36KB,所以一般不会整合到细胞基因组中,典型的腺病毒载体系统,如穿梭质粒pCA13/腺病毒基因组质粒pBHG11/包装细胞293细胞.pCA13/的HCMVIE启动子-多克隆位点-SV40AN(polyA)构成外源基因的表达盒,该表达盒的插入使腺病毒E1基因缺失,但是保留其两端侧翼序列(左侧的1~3bp的ITR,右侧从3.5kb到末端的维持病毒装配和活力必须的蛋白IX的基因),也保留了腺病毒的包装信号φ(194~358bp);pBHG11则保留了腺病毒基因组的绝大部分,但是缺失了包装信号φ、0.5~3.7图距(mu)部分的E1区、77.5~86.2mu的E3区,293细胞是整合有Ad5E1基因的人胚肾细胞系.pBHG11因为缺失包装信号及E1区而不能复制,pCA13带有包装信号及E1的侧翼序列,但是缺失E1区及腺病毒绝大部分基因组,同样不能复制.外源目的基因插入pCA13后,与pBHG11共转染,进入293细胞.pCA13与pBHG11在细胞内发生同源重组,同时,293细胞提供E1蛋白,从而包装产生腺病毒颗粒.该病毒的蛋白质外壳同野生型腺病毒相似,具有同样的感染力进入靶细胞的能力,但是基因组DNA的E1区被外源目的基因取代,即进入靶细胞后病毒不能复制,但可以表达目的蛋白.