证明:(1)连接AP.
在△ABC中,AB=AC,∠BAC=90°,直角∠EPF的顶点P是BC的中点,
∴AP=PC=BP(直角三角形斜边上的中线是斜边长的一半);
在直角三角形ABP中,∠B=∠BAP=45°;
在直角三角形APC中,∠PAC=∠C=45°;
∴∠EAP=∠C=45°;
∵∠FPE=∠APC=90°,
∴∠CPF=∠APE;
∴在△AEP与△CPF中,
∠EAP=∠C=45°,
AP=CP,
∠CPF=∠APE,
∴△AEP≌△CPF(ASA),
∴AE=CF(全等三角形的对应边相等);
(2)∵△AEP≌△CPF,
∴S△AEP=S△CPF(全等三角形的面积相等);
又∵S四边形AEPF=S△AEP+S△AFP,
∴S四边形AEPF=S△APC=12