A、若NaHSO3溶液促进叶绿体中CO2的固定,则CO2被C5固定形成的C3增加,则消耗的C5增加,故C5的含量将减少,C3的含量将增加,A错误;
B、若NaHSO3溶液促进叶绿体中ATP的合成,则被还原的C3增多,消耗的C3增加,生成的C5增多,而CO2被C5固定形成C3的过程不变,故C3的含量将减少,C5的含量将增加,B正确;
C、若NaHSO3溶液抑制叶绿体中[H]的形成,则被还原的C3减少,生成的C5减少,而CO2被C5固定形成C3的过程不变,故C3的含量将增加,C5的含量将减少,C错误;
D、若NaHSO3溶液抑制叶绿体中有机物的输出,意味着暗反应中C3的还原过程变慢,生产的C5减少,而CO2被C5固定形成C3的过程不变,故C3的含量将增加,C5的含量将减少,D错误.
故选:B.